GO-071
2023-05-08
2024-06-30
Modelowanie genowych sieci regulatorowych za pomocą biblioteki SCENIC PLUS
dr Tomasz Włodarczyk
Projekt polegać użyciu danych pochodzących z sekwencjonowania komórek modyfikowanych genetycznie w celu uzyskania nadekspresji wybranych czynników transkrypcyjnych oraz komórek poddanych substancjom hamującym ekspresję wybranych czynników transkrypcyjnych. Dane będą miały postać zmapowanych odczytów pochodzących z programu CellRanger. Następnie zostaną zaimportowane przez skrypt, który wykonywać będzie obliczenia za pomocą biblioteki Scenic Plus będącej rozszerzeniem do języka Python. Uzyskane wyniki pozwolą na ocenę siły powiązań między czynnikami transkrypcyjnymi a regulowanymi przez nie genami w formie wektora liczb. Zostaną one wyeksportowane poza klaster obliczeniowy i analizowane dalej przy użyciu pakietów do środowiska R.