Grant zamknięty
GO-064
2021-12-21
2023-03-21
Analiza porównawcza transkryptomów hybrydyzujących gatunków, sarny europejskiej i sarny syberyjskiej
dr Maciej Matosiuk
Realizacja projektu w UCO będzie polegała na analizie danych RNA-seq replikatów próbek pochodzących od trzech gatunków jeleniowatych: sarny europejskiej i syberyjskiej oraz łosia euroazjatyckiego. Analizy będą obejmować: 1) przygotowanie danych do analiz, 2) identyfikację transkryptów różnymi metodami (mapowanie do genomu, mapowanie do transkryptomu, bez genomu referencyjnego), 3) normalizację odczytów, 4) analizę zróżnicowania ekspresji genów, 5) adnotacje funkcjonalne genów wykazujących zróżnicowaną ekspresję, 6) identyfikacja specyficznych gatunkowo markerów SNP w obrębie genów ulegających ekspresji.