GO-038

2018-11-28

2019-11-28

Analiza danych z Human Microbiome Project

mgr inż. Agata Młodzińska

Mikrobiom człowieka jest jednym z najbardziej interesujących tematów badawczych. Dzięki projektowi HMP (Human Microbiome Project) analizie składu mikrobiomu poddanych zostało 16 części ciała, a wyniki pozwoliły na częściowe określenie składu mikroorganizmów zasiedlających jelita, ślinę, krew, dziąsła, nos, jamę ustną i innych. Wyniki badań 16S opublikowane zostały w 2013 roku i udostępnione publicznie. Celem projektu jest uzupełniająca analiza bioinformatyczna publicznych danych 16S pobranych z bazy Human Microbiome Project Pilot1 (HMP1), z wykorzystaniem algorytmów bioinformatycznych oraz algorytmów uczenia maszynowego. Projekt zostanie wykonany przy współpracy z prof. dr hab. Witoldem Rudnickim, specjalizującym się w analizie danych z wykorzystaniem algorytmów matematycznych, w tym uczenia maszynowego. Podczas realizacji projektu utworzone zostaną markery mikrobiologiczne charakterystyczne dla grup reprezentujących poszczególne części ciała. Analiza ma na celu wskazanie bakterii odpowiedzialnych za występowanie cech charakterystycznych dla części ciała w okolicy jamy ustnej, skóry czy damskich narządów płciowych. Analizie poddanych zostanie kilka tysięcy próbek, co wymaga wykorzystania niestandardowych zasobów obliczeniowych.